Shirō perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió casi toda la zona y en el que también él resultó envuelto. Cuando se da por vencido y acepta su propia muerte, un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, adopta a Shirō, y con el paso del tiempo, le revela su identidad como mago.

Lo que Shirō desconoce, es que la Ciudad Fuyuki se ha vuelto el escenario de una secreta y violenta guerra de magos. Desde hace ya dos siglos que se escogen a siete hechiceros para que entablen una lucha a muerte, en busca de obtener el Santo Grial, un cáliz legendario que concede cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial han ocurrido cada sesenta años, la última acabó hacía apenas una década, pero la quinta comienza prematuramente. Cada hechicero (o “Master”) puede invocar a un espíritu legendario de nombre “Servant”, que le ayudará en su batalla.

Una noche, después de limpiar el dōjō de arquería, Shirō descubre a dos Servants, Archer y Lancer, peleando en el patio. Para evitar exponer el hecho de la existencia de la guerra, Lancer interrumpe la batalla y se dirige a asesinar al chico, y éste, en un intento por salvarse, desestabiliza todo su poder mágico en algún conjuro de defensa… pero atónito ve que, ante sus ojos, aparece una hermosa joven vestida con armadura, que lo protege de Lancer. Mirándolo serena y fría, saluda a Shirō con las siguientes palabras:
"Respóndeme, ¿eres tú mi maestro?"

Y Shirō, sin siquiera sospecharlo, acababa de entrar en la Quinta Guerra del Santo Grial. Aquí comienza la historia